Одной из главных функций ФГБУ «Северо-Осетинский государственный природный заповедник» является охрана его территории. Согласно Федеральному закону «Об особо охраняемых природных территориях» охрана природных комплексов и объектов осуществляется государственной инспекцией состоящей из 40 сотрудников. Рядовыми инспекторами, которыми руководят старшие госинспектора во главе с заместителем директора по охране И.Д. Гуриевым.

Государственные инспектора по охране территории заповедника пользуются всеми правами должностных лиц государственной лесной охраны и других специально уполномоченных государственных органов РФ в области охраны окружающей природной среды. Руководством заповедника разработан план заповедно-режимных мероприятий, который является основой деятельности инспекторской службы. Охрана осуществляется методом парного патрулирования, двух или нескольких обходов одновременно, согласно графику. Госинспектора ведут дневники первичных научных наблюдений (за состоянием погоды, встреч животных и их поведением, сезонным развитием природы), которые затем вносятся в ежегодный том Летописи природы.

В заповеднике создана и успешно работают оперативная группа. Охрана территории мобильной опергруппой, не привязанной к конкретной местности, дает максимальный природоохранный эффект по сравнению с другими методами контроля за режимом заповедника.

Помимо борьбы с браконьерством, большое внимание уделяется противопожарной охране. В целях оперативной борьбы с пожарами, в заповеднике создана пожарная дружина. Разработаны и приняты меры по охране лесов от пожаров, созданы противопожарные тропы. Систематически проводятся обучение госинспекторов методам борьбы с пожарами. В заповеднике ежегодно разрабатывается и утверждается План противопожарных мероприятий и Организационно-мобилизационный план тушения лесных пожаров, которые согласовываются с Главой администрации местного самоуправления Алагирского района.

Контакты для круглосуточного приема и оперативного реагирования на поступающую информацию о нарушении режима охраны и выявления любых чрезвычайных ситуаций, в том числе появления возгораний и мест несанкционированного размещения отходов на территории ФГБУ «Северо-Осетинский государственный природный заповедник» , его охранной зоне и государственного природного заказника федерального значения «Цейский»